明朝初年曾是歸德侯府和漢王府。清朝為江寧織造署、江南總督署、兩江總督署。清朝康熙、乾隆皇帝下江南時均以此為“行宮”。1911年10月辛亥革命爆發后，1912年1月1日，孫中山在此處宣誓就任中華民國臨時大總統，并組建了中國歷史上第一個共和制的國家政權 ── 中華民國臨時政府。1949年4月23日，人民解放軍解放南京，攻占總統府。從此，揭開了中國歷史新的一頁。

南京解放后的近50年中，總統府一直作為機關的辦公場所。自20世紀80年代以來，機關單位陸續搬遷，并于1998年在總統府舊址之上，開始籌建南京中國近代史博物館。經過精心的規劃和五年的建設，至2003年已初具規模。目前，博物館總占地面積為9萬平方米，共分三個參觀區域。中區（中軸線）主要是國民政府、總統府及所屬機構；西區是孫中山的臨時大總統辦公室、秘書處和西花園，以及參謀本部等；東區主要是行政院舊址、馬廄和東花園。一系列展館和史料陳列，則分布在這三個區域中。

明朝初年為漢王府花園，以漢王朱高煦名中的“煦”字而得名。清朝為兩江總督署花園。太平天國建天朝宮殿時予以擴建。因花園位于宮殿西側，又稱“西花園”，與東花園相對稱。清軍破城時被毀，曾國藩予以重建。1912年1月，中華民國臨時政府成立，孫中山的臨時大總統辦公室和起居室就在煦園內。以后，又先后作為南京留守府、江蘇都督府、督軍署等機構的辦公處。1927年4月國民政府成立后，國民革命軍總司令部、軍委會，以及總統府軍務局等機構，都曾在園內設有辦公處。煦園為典型的江南園林，與總統府連為一體。有諸多著名的遺址景點，如石舫、夕佳樓、忘飛閣、漪瀾閣、印心石屋等。

總統府建筑于民國元年六月一日開工興建，至民國八年三月竣工，整棟建筑物是以正大門入口小樓為基礎，一層一層緊密相連，結構嚴謹，造型對稱，設計精細。總統府內隨處可見高聳的圓柱，雅致的雕飾，深邃的回廊，精巧的拱門，充分表現歐洲文藝復興時期巴洛克式之建筑特色。第二次世界大戰末期，曾遭受轟炸，嚴重毀損，民國三十四年臺灣光復后，于次年重修完成，當時為慶祝蔣公六秩華誕，改稱介壽館，民國三十八年中央政府播遷來臺后，便以此館作為總統府，沿用迄今。

“子超樓”是總統府的主要建筑，位于總統府中軸線北端。這幢辦公大樓是在國民政府主席林森任上所建。林森字子超，且任國民政府主席時間最長，所以人們習慣稱之為“子超樓”。該樓于1934年開工，至1935年12月竣工。“子超樓”主體五層，局部六層。第一層，先為國民政府文官處，后成為總統府文書局的辦公室。第二層是總統、副總統辦公室。朝南的這間是蔣介石的辦公室，朝北的這間是副總統李宗仁的辦公室。第三層是國民政府會議室。

20世紀初期，南京的一些建筑受西方折衷主義建筑思潮影響，都爭相效仿西方建筑形式，并以此為榮。這幢黃色西洋式平房是典型的仿意大利文藝復興式樣，始建于清量將在大端方任上，竣工于末任總督張人駿。因位置在總督署的西面，故又稱西花廳。整幢建筑坐北朝南，七開間。1912年1月以后成為中華民國臨時大總統辦公室。